《金匮要略》本是《伤寒杂病论》的杂病部分，论述了内科、外科、妇科等杂病的辨证论治，其中又以内科病症为主。该书以中医整体观念为指导，以脏腑经络学说为理论依据，认为疾病的产生都是整体功能失调、脏腑经络病理变化的反映，从而提出了脏腑经络病机和阴阳表里虚实寒热“八纲”相结合，病与证相结合的辨证方法。对于疾病的产生原因，他分析说：“千般灾难，不越三条：一者，经络受邪入脏腑，为内所因也；二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者，房室、金刃、虫兽所伤。以此详之，病由都尽。”这是总的原则。但对于某一具体的病症，则又需根据不同情况区别对待。如中风病，病因是内因为主，但在临床表现上，又有在经、在络、入腑、入脏等不同症型。由于他采取了比较进步的辨证方法，因而其治疗用药每每取得良好的疗效。在《金匮要略》一书中，记载了245个处方；这些与《伤寒论》所载的113个处方相加，去掉重复部分，共323个，基本上包括了临床各科的常用方剂，被后世称为“经方”，多所引用。