可如此重要的一处机构，从初建之时起，便面临着一个离奇的窘境、一个多少仁人志士为之困扰的千古难题：
没钱。
更准确地说，是户部从来没有编列过相关预算。在朝廷的账本上，从来没有这么一笔“后湖黄册库开销”的支出。
这可真是离奇了。朝廷这么重视后湖黄册库，怎么会不拨款呢？
藏书的花费没有养兵那么夸张，可是库阁册架的日常修葺、管库人役的吃喝拉撒、器具船舶的购买整治、官吏监生的薪俸廪米，这都是要花钱的。更别说每十年一次的驳查，几百人在岛上起居消耗，开销更是巨大。
后湖黄册库自己不是生产部门，朝廷不给钱，日常工作怎么展开？
这事，得怪大明的总设计师朱元璋。
农民出身的朱元璋有他务实的一面，也有一拍脑袋异想天开的时候。在户籍制度的设计上，他深谙基层弊端，手段施展得极有节奏，不出二十年便完成了前朝所未能完成的版籍大业。可到黄册库建立之后，一涉及钱，他却变得很天真。
朱元璋觉得，如果单独为黄册库编一笔预算，会导致开支总数上升，这笔负担最终会落到底层农民身上。他一拍脑袋，想到了个好主意。
在黄册库投入运营之后，朱元璋是这么安排的：所有的官员和监生相关支出，由国子监负责，如果不够，则由都税司以及江宁、上元二县补足；纸墨之类的文具支出，由刑部、都察院负责，不够的话，再由应天府补足；房屋、册架、过湖船只、桌椅板凳之类，由工部负责添造修理；至于其他琐碎支出，则由户部负责。