1642年8月，国王查理一世向国会宣战，内战爆发。在历时4年的战争中，克伦威尔组织了一支骑兵部队，在与国王军队的作战中，他杰出的军事才能使他声望日隆。在关键性的马斯顿战役中，克伦威尔起了举足轻重的作用。他率兵大败王党军，扭转了战局。1646年战争结束，查理一世成了阶下之囚。但是和平并没有到来，因为内部发生分裂，各派别间存在着根本的分歧。没过一年，查理一世潜逃，企图东山再起，他重新纠集军队，第二次内战爆发了。克伦威尔再一次击败了查理一世的军队，在清洗了国会中的长老派势力后，于1649年1月30日把查理一世推上了断头台。
1649年5月，克伦威尔宣布成立共和国，建立了以他为首的资产阶级专政。不久，他就残酷镇压了平均派和掘地派的民主运动和爱尔兰民族起义。克伦威尔开始执政时，他本想通过与国会谈判来进行新的选举，但是当谈判破裂时，他就用武力解散了残余国会。从那时直到1658年他去世，克伦威尔曾先后成立和解散了3个不同的国会，采用了两部不同的宪法。在克伦威尔执政期间，他主要依靠军队的支持来维系统治，也就是说，他是一个军事独裁者。